至今为止，原发性肝癌的病因和发病机制还没有完全搞清楚。高危因素有以下情况：
第一种是慢性肝炎，如病毒性肝炎，酒精肝、脂肪肝等，其中慢性病毒性肝炎是我国原发性肝癌最主要的病因。第二种是肝硬化，大部分肝癌在肝硬化基础上发生，在中国，原发性肝癌主要发生在病毒性肝炎后的肝硬化基础上。第三个因素是黄曲霉毒素，有很强的致癌作用。第四种情况是饮用水污染，塘水中藻类的毒素会污染水源，也可能与肝癌的发生有关。第五种情况是遗传因素，肝癌的发病率因种族和人群不同而不同。这种疾病也有家族聚集性。第六种情况是其他化学物质，如亚硝胺、农药等，都是疑似致癌物。
