胆总管结石的患者主要以手术治疗为主，目的是通过手术尽可能取净结石、解除胆总管梗阻以及术后保持胆汁引流通畅。
虽然胆总管结石主要以腹腔镜胆总管切开取石等手术治疗为主，但是术前可进行非手术治疗。一方面为术前准备，另一方面可缓解症状。非手术治疗主要有包括应用抗生素、解痉镇痛药物、利胆护肝药物、纠正水、电解质及酸碱平衡的紊乱，以及加强患者的营养支持治疗、补充维生素、纠正凝血功能的治疗。此外，对于禁食的病人，还应使用肠外营养治疗。
