经常不吃早饭是造成胆结石的危险因素，肝脏分泌的胆汁会在胆囊储存，进食后，胆囊受刺激排出胆汁帮助我们消化和吸收食物。经过一晚上肝脏的胆汁分泌，胆囊储存胆汁，早上没有食物刺激，胆囊不排出胆汁，时间长了导致胆汁积聚，有形物质沉积形成胆结石。另外长期饮食不健康，过度油腻，胆囊细菌和寄生虫感染或者胆囊炎症造成内壁不光滑，也会形成胆结石。
肝内胆管结石的病因可与胆囊有关，比如胆总管结石向上游走堆积形；肝内胆管结石也可能是肝内胆管的细菌或者寄生虫感染形成结石。
