宫颈囊肿绝大多数是由于子宫颈的生理变化，是一种正常的现象。子宫颈转化区内的鳞状细胞取代柱状上皮细胞的过程当中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈内腺管的开口，导致腺管的分泌物堵塞，不能排出，就出现引流受阻，形成宫颈囊肿。也有可能是由于慢性的宫颈炎症或者是宫颈局部的损伤，引起腺管的开口堵塞，也会导致宫颈囊肿的形成。宫颈囊肿通常情况下是不需要治疗的，但是要做一下宫颈的癌前筛查（TCT HPV），如果癌前筛查没有问题，观察就可以了。
