新生儿低血糖症本身通过化验即可明确，其鉴别主要是针对引起低血糖的疾病。
新生儿低血糖症状往往不典型，无特异性，其鉴别有一定困难，鉴别主要从两个方面来考虑：
- 根据自主神经系统症状鉴别，表现是多汗、无力、心动过速、烦躁不安、喂养困难等症状；需注意与低钙、低镁、电解质紊乱、心肌炎、新生儿肺炎、败血症等感染性疾病相鉴别。可以通过血常规、电解质、胸片等相应的化验检查明确。
- 根据神经系统方面的症状鉴别，如嗜睡、昏迷、惊厥等症状。需要与电解质紊乱、先天性代谢性疾病、颅内出血、缺血缺氧性脑病等相关疾病鉴别。通过头颅CT、血化验等检查鉴别。
