胃食管反流症大多数可以临床治愈，少数患者反复发作、难以治好。
大多数患者的胃食管反流，是由于平时饮食习惯不好、自身体重异常、经常吸烟饮酒、长期服用某些药物、常喝浓茶咖啡等非疾病因素引起的。查明原因后及时解除这些不良生活和饮食习惯的刺激，再配合适当的药物治疗，比如质子泵抑制剂、胃肠动力药、胃黏膜保护剂等进行治疗，通常都可以临床治愈。
也有部分胃食管反流症是因为一些器质性疾病导致的，比如贲门癌手术后或者食管裂孔疝等引起的胃食管反流，通常达不到治愈的效果，但是系统的治疗后可以改善症状。
