发生肾积水和肾萎缩的病人在治疗时，还需要结合具体情况，给予对应的措施。
如果是先天性的肾萎缩和肾积水，患者在进行彩超、CT以及磁共振等相关的检查之后，并没有发现泌尿道梗阻。患者自身也不存在其他不良症状时，通常无需进行特殊治疗，但需要定期随访观察。
如果肾积水反复引起感染，且在进行检查时肾萎缩已经没有实际的功能，或者大部分的功能已经丧失，可能需要采取肾切除手术。如果肾萎缩并不是特别严重，可通过肾脏造瘘或放置双节管进行引流，改善不良的临床症状。
