胃肠间质瘤危险度的分级主要和肿瘤的大小以及病理性核分裂象数的多少等有密切的关系，可分为分别为极低危险度、低度危险度、中等危险度以及高危险度四级。
一般极低度危险度肿瘤小于2cm，病理性核分裂象小于等于5cm，而低度危险度肿瘤大于2cm，但是小大于5cm。高度一般肿瘤较大，大于5cm，而病理性核分裂象要大于5cm。如果肿瘤发生破裂则属于高等危险度，无论肿瘤大小以及病理性核分裂象数有多少，其都属于高度危险度。
胃肠间质瘤主要是来自间叶组织的肿瘤。可以发生于消化道的任何部位。其中基因检测对疑难病例的诊断具有重要价值。需要根据不同的病情采取相应的治疗方法，如果肿瘤比较小，可以在内镜下行肿瘤剥除术，如果肿瘤比较大，需要考虑手术切除。
如果免疫组化检查提示肿瘤具有侵袭性，手术后是可以口服靶向药物，可以有效降低术后复发和转移的概率。
