慢性胰腺炎的发病机制为各种损害造成胰腺出现慢性炎症，慢性炎症恢复之后,会有瘢痕形成，会出现纤维化，再次的炎症刺激会导致瘢痕、纤维化的再次出现，最终胰腺缩小、胰腺硬化称之为慢性胰腺炎。
酗酒和暴饮暴食使得胰液分泌旺盛，致使高浓度的蛋白酶排泄障碍，最后导致胰腺泡破裂而发病。
酒精本身及其代谢产物的细胞毒作用，导致了胰腺实质进行性的损害以及纤维化，胰液粘稠。蛋白质沉淀可以引起胰管引流的不畅，出现了结石的形成。
慢性胰腺炎可能是出现了炎症的感染所导致的，可能是由于遗传基因导致的。
