一般情况下，肛瘘手术后患者的疼痛会持续十天左右。因为肛周皮肤的感觉神经很丰富，痛觉比较敏感，所以一般要等到伤口愈合后疼痛才会缓解。并且肛瘘手术后患者疼痛持续的时间与患者的病情也有一定的关系，如果患者的肛瘘比较复杂，术中对肛周组织的破坏较多，患者疼痛持续的时间就比较长。如果患者是单纯低位性的肛瘘，术中对肛周组织的破坏少，疼痛持续的时间也相对会缩短。
另外，疼痛持续时间与患者对于疼痛的耐受程度也有关系，对疼痛耐受差的患者也会比其他患者痛的时间更久。
