根据结肠炎不同的类型，治疗方法也不同，主要通过药物治疗和手术治疗的方式进行。普通细菌性结肠炎一般抗感染治疗一周可以获得治愈。
慢性溃疡性结肠炎主要症状是腹泻、腹痛、黏液便，一般无法根治，需要长期用药控制症状，该疾病经过积极治疗通常不会影响自然寿命。
轻症的溃疡性结肠炎患者在进行药物治疗后可以达到临床治愈的效果，治疗此疾病的药物主要是5－氨基水杨酸、肾上腺皮质激素类药物以及免疫抑制。
重症结肠炎患者需要进行手术治疗，通过全结肠切除术或者回肠J－囊袋肛门接合手术可以很大程度上缓解疾病症状，后续结合药物治疗也可以达到临床治愈的效果。
