胰腺囊肿患者一般无明显症状，仅在B超检查中会发现。其中以假性囊肿多见，多发于胰腺炎患者，患者常以腹痛为首发症状，同时可能会出现背部的放射痛，其次，部分患者会出现消瘦的表现。
若囊肿较大，压迫周围器官、血管等，则会出现食欲减退、腹胀、恶心、呕吐、黄疸、便秘以及腹水、下肢肿胀等症状，触诊可触及上腹部包块。
若合并感染，患者则会出现发热，严重时可出现休克表现，囊肿破裂时，可出现腹痛、腹肌紧张等腹膜炎表现。
慢性胰腺囊肿多由于慢性胰腺炎所致，症状上常伴有脂肪泻、高血糖、持续上腹隐痛、脾大，严重时则会出现消化道出血。
