干扰素并不都会引发甲亢甲减，只有当干扰素造成机体甲状腺组织破坏时，才有可能引发甲状腺功能亢进、减退。干扰素主要用于抗病毒和肿瘤的治疗，还有抑制细胞增殖和调节机体免疫的作用。
当干扰素对甲状腺组织造成不可逆性的破坏时，大量甲状腺组织的破坏就会导致甲状腺功能减退，并且属于终身甲减，需要终身服用甲状腺素进行治疗；
当干扰素在短时间内破坏了过多的甲状腺细胞，会导致甲状腺细胞内储存的甲状腺激素短期内大量释放，从而导致甲状腺功能亢进，但如果后期被破坏的组织不能继续合成甲状腺激素，那些大量释放的激素就不能继续维持正常功能，从而导致甲减。
