先天性甲状腺功能减退并不能够根治，虽然可以通过补充甲状腺激素，把甲状腺功能维持到正常范围，但是先天性甲减出现的智力低下、身材矮小等，其恢复的程度每个患者差异较大。
先天性甲状腺功能减退会造成儿童的神经系统发育受到影响，出现不可逆的损害。还会明显影响儿童的生长发育，出现生长发育迟缓。
先天性甲状腺功能减退症患者在使用甲状腺激素治疗的时候，一定要定期检查甲状腺功能的变化，根据甲状腺激素以及促甲状腺激素的结果，调整药物的剂量，把甲状腺功能稳定在正常范围。
