尿道下裂手术有风险，严格来说，任何手术在操作时均会存在不同程度的风险。但是尿道下裂手术并不属于大手术，风险性并不是很高。
尿道下裂手术主要为阴茎弯曲矫正术和尿道成形术，进行阴茎弯曲矫正术者，在手术过程中容易出血，还有可能会导致皮肤感染。进行尿道成形术时，可能会因为各种因素导致术后尿道狭窄等。
随着医学界的不断发展，大多数的尿道下裂者通过尿道下裂手术后可起到较好的治疗效果。且部分患者可达到治愈目的，甚至可正常的排尿、生育。
