先天性巨结肠的治愈率较高，而且术后并发症少，不属于较难治的疾病。先天性巨结肠变成严重程度不同，采取的方法也有所不同，具体如下：
1.保守治疗。所采用综合性非手术治疗手段，具体的方法包括灌肠、扩肛、使用缓泻药等，避免粪便在结肠内蓄积。这种方法主要适用于痉挛肠段较短，便秘比较轻微的患者。
2.结肠造瘘术。经过保守治疗失败或者病情比较严重，不具备接受根治性手术指征的患儿，可采用结肠造瘘术。
3.根治性手术。根治性手术的方式较多，医生会根据患儿的病变类型、年龄，来选择合适的手术方式。
