胆囊萎缩根据其萎缩的具体病因，选择手术治疗或临床观察。
一般情况下，临床出现胆囊萎缩主要是由于某些原因导致胆囊管梗阻后，从而使胆汁失去进出胆囊的正常通道，久而久之后胆囊内失去胆汁的存在，并且随着胆囊壁的增厚造成胆囊萎缩。
对于胆囊尚未完全萎缩的患者，首先必须明确是何种原因导致的胆管堵塞，并根据其病因判断能否使胆管堵塞再通，从而通过外科手术等方法恢复，避免胆囊萎缩进一步加重。
而如果胆囊已完全萎缩，这种情况下一般无需特殊处理，定期观察并合理饮食即可。
