核磁共振可以查出脑炎，但是对于早期诊断尚存在争议。其次，并不能判断脑炎的性质。
核磁共振的检查属于目前临床上常用的用于判断脑组织病变的影像学检查方式。通过核磁共振的检查可以发现由于脑炎导致的脑细胞的损伤，渗出等病变，也可以判断炎症的严重程度，以及病变的位置，对于辅助诊断脑炎具有非常重要的意义。
但是也存在一定的缺陷，首先病变早期并没有出现脑细胞的损伤渗出或者范围较小，核磁共振检查并不能完全明确。其次，核磁共振的检查仅仅能够判断脑细胞的损伤，并不能判断脑损伤引起来的原因，例如免疫疾病导致的损伤，感染导致的损伤，需要进一步的脑积液穿刺。
