血清阴性脊柱关节病确诊主要依靠以下几点：1.临床表现：一般血清阴性脊柱关节病患者都会有晨僵、下腰痛，休息时症状不缓解，适当活动后症状可以得到缓解；2.实验室检查：可以通过化验HLA-B27来帮助诊断，90%以上血清阴性脊柱关节病患者血清HLA-B27为阳性。此外，C反应蛋白、血沉也可以作为判断患者是否处于疾病活动期的指标；3.影像学检查：双侧骶髂关节X线检查对此病诊断有重要意义。血清阴性脊柱关节病患者双侧骶髂关节X线片会有骶髂关节面模糊、边缘不规则、关节间隙变窄等表现。
