子宫内膜异位症跟巧克力囊肿有一定的区别。子宫内膜异位症主要是指有生长功能的子宫内膜组织，长在了宫腔以外的部位。如果子宫内膜异位于盆腔内，性交时会有明显的疼痛感。而巧克力囊肿是子宫内膜异位于卵巢上形成囊肿，性交时不会有明显的疼痛。另外，巧克力囊肿也是子宫内膜异位症的一种。子宫内膜异位症和巧克力囊肿都会出现继发性痛经，而且会随着局部的病变加重，疼痛也会加剧，同时也会导致女性出现月经失调、不孕等症状。
