直肠肛瘘治好后可能会遗留以下后遗症：第一，当高位肛瘘进行瘘管切除手术时，由于瘘管的位置较高，手术治疗时有可能损伤肛门括约肌的深部，可以引起严重的肛门失禁。如果被结扎的肌肉组织过多，肛门周围的肌肉发生血运障碍，导致肌肉坏死，肌肉瘢痕挛缩，也可以引起肛门失禁。第二，若在手术过程中切除肛门的皮肤过多，手术切口愈合欠佳，可能导致直肠发生狭窄，最终引起排便困难。情况严重者，则需要进行扩肛手术或者直肠松解术。但以上两种后遗症发生的概率都极低，因此肛瘘患者可以放心大胆进行手术治疗，不必过多担心。
