复杂性肛瘘的诊断主要是通过肛门的视诊、肛门指诊。另外，还可以通过直肠内的超声检查，以及核磁共振的检查，复杂性的肛瘘，主要就是指含有两个以上外口的肛瘘。无论是复杂性的肛瘘，还是简单性的肛瘘，在诊断明确以后都是需要通过手术的方法进行治疗。肛瘘是属于肛门周围感染化脓性的疾病，是肛周脓肿发生了溃破或者是在人为切开以后所留下来的管道。诊断明确以后首选手术的治疗。在手术以后，完全恢复时间需要20天到1个月，手术后要按时换药，保持手术创面的引流通畅。
