复杂性肛瘘一次手术就治好的概率比低位单纯性肛瘘手术治好的概率要低一些。但无论是低位单纯性肛瘘，还是高位复杂性肛瘘都可以根治。
低位单纯性肛瘘手术比较简单，一次就可以根除。如果是复杂性的肛瘘，有可能要分次、分期多次手术，才能将肛瘘予以根除。而且在进行复杂性肛瘘手术之前，一定要行全面的检查，尤其是会阴部的磁共振，明确内口以及肛瘘窦道的走行和方向，为手术做好准备。手术当中要仔细的辨明瘘管的走行方向，不要遗漏内口，找到内口手术才能根治，不然容易复发。复杂性肛瘘根据瘘管的走形，有的可以直接切开，有的要挂线，甚至要挂多根线。
