如果患者得了低位肛瘘，应当积极的行手术治疗，可以行肛瘘切除术，将瘘管全部切除至健康组织，创面不予缝合。手术后可以应用中药进行熏洗，保持创面清洁，改善肛周的微循环，可以应用中药加水煮沸，先熏后洗。手术后还应当加强营养支持治疗，可以吃一些蛋白含量高的食物，促进肉芽组织生长，促进创面的愈合。还应当多吃一些新鲜的蔬菜或者水果，避免食用烟熏的、油炸的食品，一些脂肪含量高的食物，比如肥猪肉应当禁止食用，防止出现便秘，出现排大便不通畅，刺激手术后的创面，引起疼痛、出血等并发症。
