头部囊肿的形成原因需要根据类型来确定。目前较为常见的头部囊肿主要包括表皮样囊肿、颅内蛛网膜囊肿、皮样囊肿以及头皮皮脂腺囊肿等，它们的形成原因主要有先天性感染后，手术后以及外伤。先天性囊肿主要是指在生长发育过程中出现，而外伤性囊肿是指颅脑受到外伤后，由于炎症和组织黏连形成的囊肿。并且有少数患者是在颅脑手术后，因为炎症和感染等原因形成囊肿。此外，头部囊肿的内容物也会有所不同，例如蛛网膜囊肿内主要为脑脊液，而皮样囊肿和表皮样囊肿内容物较为复杂。
