肾囊肿可以通过以下检查方式确诊：
1、B超：是确诊肾囊肿最为常见的检查方法，通过B超检查可发现肾脏囊性病变，肾囊肿在B超检查下可见肾脏实质内无回声空腔，囊肿囊壁光滑、边缘清楚。囊壁下方回声比较强一些。
2、肾脏平扫加增强CT：该项检查对于肾囊肿诊断更有价值，可以进一步明确肾囊肿与肾实质的关系。通过该项检查可显示其压迫肾盂或者与肾盂相通，有少部分肾囊肿与肾盂集合系统相通。
此外，静脉尿路造影检查也比较常用，主要针对肾积水和肾囊肿进行鉴别诊断。
