有的肾囊肿可以彻底治好，而有的肾囊肿难以彻底治好。
肾囊肿是否能彻底治好主要取决于在切除或者使用开窗引流术治疗使肾囊肿消失后，引发肾囊肿的因素是否也可以一并去除。由先天性因素引发的肾囊肿，一般在治疗后仍会复发，因为患者发生肾囊肿的生理条件仍然没有去除；有些患者在肾囊肿消除后，对消化系统、呼吸系统、泌尿系统的感染进行治疗或者避免接触有肾毒性的化学试剂、改变饮食习惯后，肾囊肿不再复发。
大多数肾囊肿是难以彻底治好的，要积极弄清患者发生肾囊肿的诱发因素，尽量避免。
