肾囊肿的病因比较复杂，可为先天性、遗传性、获得性等原因，其中以单纯性囊肿和多囊肾最为常见。
单纯性肾囊肿绝大多数属于非遗传性疾病，发病机制并不十分明确，囊肿可能是由肾小管憩室发展而来。单纯性肾囊肿发展缓慢，随年龄的增长，发病率逐渐增加。单纯性肾囊肿通常对肾功能的影响不是太大，但对于比较大的囊肿需要手术治疗。
多囊肾是一种遗传性疾病，分为常染色体显性及隐性遗传两种，多囊肾会造成正常的肾组织减少，影响肾功能，最终引起肾功能衰竭。
