先天性巨结肠的患者手术后可能会出现后遗症，如腹痛、腹胀、便秘等，而且先天性巨结肠的患者通过手术切除巨结肠以后，有可能会使患者出现漏粪、大便失禁症状，考虑是手术后神经功能恢复不佳引起的。
如果患者出现消化不良或者腹泻，可能会引起肠道功能紊乱，再加上幼儿时期的肠道功能发育不成熟，使机体很难调整到正常水平，所以要到正规医院在医生指导下针对消化不良、腹泻等症状对症治疗，必要时还要做输液补充体内营养，纠正患儿水电解质紊乱状态。
