X染色体和Y染色体属于性染色体，主要的区别是胎儿的性别不同。X染色体和Y染色体大小不同，携带的基因不同，对后代的影响也会不同。
通常Y基因是遗传给男性后代，Y染色体对人的性别表现各方面都有很大作用。Y染色体内含有性别决定基因，可以促使睾酮分泌增加，使得生殖器男性化。
反之，如果缺乏睾酮分泌则会诱使女性器官分化，含有一对X染色体的受精卵发育成女性。男性如果有不育症，有些与染色体异常密切相关。
