甲减的原因比较复杂。先天性甲减与遗传相关，是指出生前就存在甲状腺功能减退。
后天性甲减则根据发病部位分为原发性甲减、继发性甲减和甲状腺激素抵抗综合征。原发性甲减就是甲状腺腺体自身病变，最常见的原因是慢性淋巴细胞性甲状腺炎，
其次是甲状腺手术之后，然后就是放射性碘治疗、缺碘引起的甲减。继发性甲减又叫中枢性甲减，是垂体或者下丘脑病变然后引起的甲状腺功能减退。而甲状腺激素抵抗综合征是，是外周组织生物效应异常引起的。
