引起子宫内膜异位症的原因，其实至今还没有明确的定论。目前大概有三种病因学说，第一种就是种植学说，经期时子宫内膜随经血逆流，经输卵管进入盆腔，种植在卵巢和邻近的盆腔腹膜，并且在该处继续生长蔓延，从而形成子宫内膜异位症。还有可能通过淋巴静脉来散播，发生异位种植。还可能存在医源性种植，比如手术时将子宫内膜带到切口。另外，还有体腔上皮化生学说以及诱导学说。除此之外，考虑还可能与遗传免疫等因素有关。
