目前乳腺的免疫组化报告都是针对乳腺癌的。临床上最常用的也是医生最关注的四个指标，即雌激素受体、孕激素受体、HER-2、Ki-67。雌孕激素受体主要是看癌细胞对雌孕激素的敏感性，阳性程度越强，说明内分泌治疗的效果会越好。HER-2是原癌基因人类表皮生长因子受体2，如果HER-2强阳性，说明体内发生了该原癌基因的突变，那么靶向治疗的效果会较好。Ki-67跟细胞的有丝分裂密切相关，如果Ki-67高表达，说明癌细胞增殖性强，肿瘤容易发生复发转移。
