卵巢功能低下的病因非常复杂，约有一半左右的患者未能明确病因。而已经明确的病因包括以下几个方面：1、女性的染色体异常是导致卵巢功能低下的主要原因，而X染色体异常最为常见；2、桥本氏甲状腺炎、系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病；3、放化疗等医源性损伤，但需要注意的是，直接切除双侧卵巢并不在早发性卵巢功能不全的范畴当中；4、病毒感染、长期处于有毒有害环境当中时，也可损伤女性的卵巢组织，导致卵巢功能低下。
