病毒性脑炎的常见症状包括发热头痛，全身疼痛，无力，恶心呕吐，不同程度的意识障碍，如意识模糊，嗜睡甚至昏迷等，严重情况会出现昏迷癫痫，精神行为异常，人格改变、脑疝甚至死亡。自身免疫性脑炎的症状可以出现精神行为异常、认知障碍、记忆力下降、癫痫发作、言语障碍、运动障碍、不自主运动，意识水平下降、自主神经功能障碍等。其他伴随症状包括睡眠障碍、中枢神经系统局灶性损害、脑干、小脑症状等等。
