大蒜治疗百日咳缺乏科学依据，不建议作为主要治疗方法。
大蒜含有大蒜素等成分，具有一定的抗菌和抗炎特性，理论上可能对某些呼吸道感染有一定辅助作用，但针对百日咳这种由百日咳博德特菌引起的特定细菌感染，大蒜中的活性成分浓度和生物利用度远不足以有效杀灭病原体，临床研究也未能证实其确切疗效。使用方法上，有人建议将大蒜榨汁或制成糖浆服用，但剂量和安全性缺乏规范；注意事项包括可能引起胃肠道不适、过敏反应，且大蒜有轻微抗凝血作用，可能与某些药物相互作用；与传统中医中大蒜"解毒杀虫"的理论不同，现代医学认为百日咳需要抗生素治疗，如阿奇霉素、红霉素等，同时支持性治疗如保持呼吸道通畅、必要时吸氧等更为关键，严重病例可能需要住院治疗。
百日咳患者应保持充分休息，避免接触其他儿童以防传播，饮食宜清淡易消化，注意观察呼吸情况和并发症迹象，并及时就医规范治疗。
