肛瘘没有最佳的自愈方法，需要结合具体病情进行治疗。并且，肛瘘的治疗以手术治疗为主，保守治疗复发几率相对较高。
肛瘘是肛肠科常见感染性病变，病变基础在于瘘管形成。肠管或肛管与肛旁组织之间形成异常通道，肠管或肛管内容物就可能通过通道从肛旁组织区域流出。治愈肛瘘的基础在于消除肛瘘瘘管，目前并没有最佳的自愈方法，需要患者及早就医消除肛瘘瘘管。
部分患者处于病程早期，临床症状轻微，可能暂时采取保守治疗。使用青霉素等抗生素药物，结合痔疮栓等药物改善病情。部分患者可能因瘘管闭合而治愈，部分患者可能因瘘管存在，出现病变复发的情况。所以，对于发现确诊的肛瘘病变患者，多建议手术治疗。
通过肛瘘瘘管切除术、肛瘘瘘管切开引流术等手术方式，清除肛瘘瘘管。术后积极抗感染治疗，同时加强营养支持治疗、改善不良排便习惯，确保创面彻底愈合，从而治愈肛瘘病变。
