原发性膜性肾病根据风险高低，治疗方法不同；由于膜性肾病自发缓解率高，所以只有疾病较严重或者进展性的特定患者应用免疫抑制剂治疗。
无症状的患者，若肾功能正常且在6个月观察期间24小时尿液检测结果显示，蛋白排泄量持续低于4.0g/d，则疾病进展风险较低。只要此类患者为非肾病水平蛋白尿，就不应进行免疫抑制治疗，因其远期预后极佳且通常会自发性部分或完全缓解。
持续超过6个月的如下临床特征：24小时尿蛋白为4.0-8.0g/d，肾功能正常或接近正常(定义为肌酐清除率大于等于80mL/min)，以及疾病无临床症状或水肿可通过利尿剂控制。可ACEI/ARB治疗，根据后续变化，必要时给予激素+细胞毒性药物治疗。
需要应用激素+细胞毒性药物治疗。高风险患者指的是尽管使用了最大限度的非免疫抑制治疗，仍然持续超过3个月蛋白排泄量大于8g/d和/或肾功能低于正常(考虑是因膜性肾病所致)或在观察期间肾功能下降的患者；存在水肿，低蛋白血症明显者，需要积极治疗。因为此类患者肾功能进展的风险较大。
