胃肠镜检查属于有创检查，需要把内镜镜身伸入到消化道里面，其危害即指并发症。
对于肠镜检查，可能引起消化道穿孔，因为肠子较弯曲，部分肠管本身具有病变，溃疡较多，另外由于医生操作不熟练，也可导致消化道穿孔；还可出现咽喉部损伤、下颌关节脱位；可出现胃壁及十二指肠壁穿孔，但是发生率较低。
通常情况下，胃肠镜检查较安全。但胃肠镜检查有其禁忌证，主要包括严重心肺疾病、消化道大出血、休克或穿孔患者，需要医生评估后方可决定是否可以进行检查，以避免出现并发症以及相关危害。
