贲门息肉内镜摘除后的并发症一般有穿孔、出血、局部狭窄等。
如果病变较大，基底较深，切除过程中就有发生穿孔的风险，术后也可能形成深溃疡，严重时可能导致迟发性穿孔。还有发生感染的可能，有可能会导致局部出现炎症。
贲门息肉内镜摘除后，术后创面有发生迟发性出血的可能性。这种情况主要会导致黑便或吐血，有时还会伴有胃痛的症状。
如果贲门息肉较大，范围较广，切除后会出现术后疤痕收缩，导致贲门狭窄，可以通过扩张的方法缓解症状。
贲门息肉内镜摘除后应吃流食，应注意不可以食用辛辣和油腻食物，以及避免饮用碳酸饮料。
