过敏性结肠炎的治疗方法有保守治疗、药物治疗和免疫治疗。
可使用氯雷他定、葡萄糖酸钙等抗过敏药物，避免吃辛辣、刺激、生冷、坚硬、黏性太强的食物；避免吃海鲜，因为海鲜中含有过多的异种蛋白，极易诱发或加重过敏性结肠炎症状。
对于精神抑郁及迟钝的患者可给予抗抑郁药物；对于情绪激动、恐惧、失眠等症状的患者，可给予安定药物；对于腹泻的患者可给予口服止泻药，如复方苯乙哌啶、蒙脱石散等；对于腹痛的患者可以给予口服肠道解痉药物，如颠茄合剂、消旋山莨菪碱片等；对于便秘的患者可口服乳果糖等。
严重过敏性结肠炎患者可使用免疫抑制剂进行免疫治疗，例如白三烯受体拮抗剂及脱敏治疗。以上药物需在医生建议指导下使用，避免自行用药。
