治疗胚胎停育的方法需要明确胚胎停育的原因。有多次胚胎停育史，夫妻双方均需要进一步检查明确原因并治疗。
引起胚胎停育的原因很多，比如染色体异常、宫腔粘连、子宫畸形、生殖道支原体感染、精子异常等。有多次胚胎停育病史，则需要全面检查明确原因并治疗，比如宫腔粘连者行宫腔镜下宫腔粘连松解术，术后给予雌激素治疗，重度粘连者及时治疗妊娠效果也容易不好。有生殖道支原体感染者，需要根据药敏选择敏感抗生素积极抗炎治疗，以免引起输卵管粘连导致不孕或者宫外孕。
规范治疗后通常可以降低再次胚胎停育发生率。如果因为染色体异常，重要异常可以选择辅助生殖，胚胎植入前染色体检查，事先检查胚胎染色体有无异常，再决定是否移植。如果因为子宫纵隔、息肉等引起的，则手术去除相关因素就可以大幅度提高受孕几率。
