肛瘘手术通常会使直肠有损伤。
肛瘘在临床当中可以分为三个部分，包括瘘管、内口、外口。其中肛瘘的内口，通常位于直肠的齿状线，所以在进行肛瘘手术时，需要对内口进行处理，在处理的过程中就可能会对直肠产生一定的损伤。
如果患者属于低位单纯性肛瘘，手术时对于直肠的损伤通常较小，可以忽略不计。如果患者属于高位复杂性肛瘘，可能会存在多个内口，肛瘘可跨越肛门直肠环，在手术时可能会对直肠产生较大损伤。同时，患者可能需要使用引流管进行引流，操作不当也可能会导致直肠发生损伤。
