低位单纯肛瘘复发率通常不高，可能是在1%~5%之间。
低位单纯肛瘘通常比较明确，一般不通过肛门括约肌，并且肛瘘的内外口和瘘管常只有一个，所以比较容易判断手术的位置。在进行肛瘘切除术时，医生可以在肛门周围进行查体时，触摸到条索状的瘘管，通过瘘管可以明确内口的位置进行手术，通常不会遗漏内口位置。手术主要是通过将瘘管、窦道切除，然后将感染源和感染病灶全部清除，所以手术以后复发的几率通常较小，可能是在1%~5%之间。
低位单纯肛瘘进行手术以后，患者需要遵医嘱定期复查，以明确恢复情况。
