肛瘘是肛管和皮肤之间的异常通道，是克罗恩病常见的肛周并发症。克罗恩病患者中约1/4~1/3合并肛瘘，其中约1/3的患者会反复发作，严重影响患者的生活质量。肛瘘可以在疾病期间的任何时候发生。约10%的患者以肛瘘为首发症状，除肛门腺感染外，发病机制还与溃疡遗传、免疫、渗透等因素有关。
在接收患者后，医生将会对患者进行肛周检查。如果发现外部肛瘘缺失，并伴有局部压痛，则表明有症状（活动性）肛瘘。最常用的局部临床检查方法包括肛门直肠腔内超声、数字检查（体格检查）、肛门/盆腔磁共振成像（MRI）和术前麻醉中的数字检查。
