在临床当中，确诊克罗恩病主要是通过做结肠镜检查，查看肠黏膜的病变情况，如果肠黏膜的溃疡性病变符合克罗恩病的特征然后通过病理学检查就可以确诊。
如果出现反复的腹痛腹泻、身体体重下降，特别是腹部有压痛、包块、肠梗阻、肠瘘等，可以考虑本病。而确诊主要是通过结肠镜检查进行确诊看看肠黏膜的具体病变情况，如果出现阶段性非对称性的各种黏膜炎症，有的出现纵行溃疡、鹅卵石样外观等就可以诊断。而确诊需要做病理学检查，也就是在肠道病变的位置取活组织，然后进行病理学检查。
