确诊克罗恩病最重要、最准确的检查方法就是需要取病变组织做病理学检查。
结肠镜是克罗恩病常规检查的首选方法，结肠镜下可以发现肠道内出现阶段性的各种黏膜炎症，或出现连续性病变、重型溃疡和鹅卵石样的外观等。再结合临床症状，可能会有反复腹痛、腹泻、体重下降等相关表现，可以考虑为克罗恩病。但是这些症状和相关检查并不是确诊的依据，只能作为考虑这种疾病的依据，要想确诊就必须做病理学检查，因为病理学检查才是确诊疾病的金标准。
所以要想确诊克罗恩病应该先做肠镜，然后在局部病变的组织中取一块组织来做病理学检查。必要时可给予实验性治疗后复查内镜。
