该疾病可能是由多种因素引起的，主要表现在以下三个方面：
研究发现，克罗恩病容易在某些特定的家庭中表现出来。国内外大量数据表明克罗恩病具有明显的遗传因素。克罗恩病可能与多种基因有关。国内外在这一领域取得了很大进展。这些基因将通过新技术得到更清晰的研究，这可能在未来疾病的预测和治疗方面取得突破。
当具有某种体格的患者暴露于某种触发因素时，肠道会产生过度免疫反应。这种过度的免疫反应会导致肠腔不同程度的炎症。
尚不清楚是哪个环境、病原体或物质触发了肠道，导致过度免疫反应，最终导致肠道炎症，这种炎症将持续下去。一般来说，克罗恩病是一种与基因相关的疾病，环境中的某些诱因可引起多种反应，最终导致疾病的发作。
