部分自身免疫性脑炎可以彻底治好，预后较好，但是也有部分患者因病情的严重、救治不积极、病因复杂等情况，而不能治好，或病情反复。
自身免疫性脑炎是自身免疫系统攻击自身脑细胞的情况，从而引起一系列临床表现，比如发热、头痛、记忆力下降、癫痫抽搐，甚至精神异常。所以治疗此病需要采取免疫治疗，而并非单纯的抗病毒或抗菌治疗。有些轻症者，可能自愈，但是病情重，有上述临床表现者，除了需要针对病因进行免疫治疗外，还可以对症用药减轻症状。多数通过系统正规的治疗，就可以恢复。
但是如果对疾病重视不够，治疗不及时，或病因复杂不能正确诊断，那么可能出现病情反复，甚至不能治好。
