B超是可以检查出肛周脓肿的，同时还需要结合患者的表现协同诊断。
浅部的肛周脓肿查体时可在肛周发现一个肿块，伴有红、肿、热、痛，根据临床症状或诊断性穿刺抽脓，可明确诊断，配合B超检查，可显示脓肿处有液性暗区。B超检查广泛应用于肛周脓肿的诊断，可以准确的描述脓腔和瘘管的走向，以及和括约肌的关系、内口的位置等。
如果是深部肛周脓肿，肛周皮肤表面无肿块，无红、肿、热、痛的表现，但往往会伴有发热、肛门坠痛，诊断时要做B超检查，可显示出脓肿的位置、大小和深度。但有时由于脓肿较深，B超检查无法准确诊断时，可通过CT甚至核磁共振来明确诊断，为下一步治疗方案提供可靠的依据。
